江戸時代この地は、諏訪高島藩領の東五千石に属していたが、明暦三年（1657）領主の弟に、内田・赤木の千石余の地を分知し、これが旗本諏訪百瀬陣屋のはじめとなった。当初は内田に代官所が置かれていたが、寛文十一年（1671）赤木山の入会に山論が起こったので所領変更をし、内田・赤木の代わりに、瀬黒村、竹渕村、白川村と百瀬村の一部を知行所とし、ここに代官所が置かれた。当初の代官は三井氏が、享保（1716）の初年より、萩原氏と近藤氏とが交代で代官するようになり、その後近藤氏が御用人格兼代官となり、以後明治時代まで続いた。明治維新後、全国の幕府領は朝廷のものとなったので、旗本領であった百瀬代官所も廃された（『松本市教育委員会・現地説明板』）。

陣屋は、間口５間、奥行３間で、茅葺屋根であったが、近年に至って瓦葺きに改められた。建築年代は不明であるが、江戸時代中期以後と推定される。屋敷地は、土居と枡形に囲まれ、旧態を存している（『松本市教育委員会・現地説明板』）。

現地は、民家となって詳しく観察できないが、一部土塁跡と思われる地形を確認することができる。